Cinsel isteksizlik, türlerine göre nedenleri de değişkenlik gösterir. Gerek kadın olsun gerek erkek olsun cinsel isteksizlik yaşayan kişilerde nedenler hemen hemen ortaktır.

Primer tip cinsel isteksizlik nedenleri, genellikle uyaran eksikliğinden kaynaklanabilmektedir. Cinsel yönden izole bir hayat süren kişilerde cinsel isteksizlik görülebilmektedir. Bununla birlikte hormonal değişiklikler, hormonların fazlalığı veya azlığı cinsel isteksizliğe neden olabilmektedir. Bu nedenle detaylı bir hormon testi yaptırmak faydalı olacaktır.

Sekonder tip cinsel isteksizlik nedenleri ise, genellikle yaşanan olumsuz cinsel deneyimlerden kaynaklanır. Partnerle uyumsuzluk, partnerin kişisel bakımına önem vermemesi, ilişkinin içinde barındırdığı öfke, kırgınlıklar, sosyal değişiklikler, maddi sıkıntılar, iş değişiklikleri, depresyon gibi nedenlerle ortaya çıkabilmektedir.

Durumsal cinsel isteksizlik ise hemen birçok kişide görülebilmektedir. Yorucu iş temposu, partnerle yaşanan tartışmalar, geçici maddi sıkıntılar veya partner değişimi durumsal cinsel isteksizliğe neden olabilmektedir.

Cinsel isteksizlik yaşa bağlı olarakta görülebilmektedir. Kadınlarda menopoz döneminde cinsel isteksizlik görülme oranı oldukça yüksektir.