Bağırsak florasının hasarlanması ​nedeniyle, iyi sindirilemeyen besinler; ağır metaller  bağırsak duvarından kana geçer. Bu durum bağışıklık sisteminin aşırı derecede çalışmasına ve kana geçen ağır metaller ile sindirimi tamamlanmayan besinlere karşı da antikor üretmesine sebep olur. Bağışıklık sisteminin aşırı derecede çalışması sonucu üretilen bu antikorlar; kendi vücut dokularına saldırmaya başlar ve yok etmeye çalışır. Bu durum bağışıklık sistemini zayıflatır ve  Otoimmün Sistem Hastalıklarına neden olur.

Aşırı Çalışan bağışıklık sistemi sonucu üretilen antikorların, Merkezi Sinir Sistemine yönlenmesiyle; her sinir hücresini ve her sinir lifini koruyan bir yalıtım maddesi gibi kaplayan miyelin tabakasına saldırması sonucu Multiple Skleroz (MS) hastalığı ortaya çıkar. Bu inflamatuar reaksiyon, sadece miyeline değil aynı zamanda oligodendrosit yani miyelini üreten hücreleri de hasara uğratmaktadır. Miyelin tabakasının yok edilmesi sonucunda sinir aksonları çıplak kalmaktadır. Çıplak, yani demiyelinizasyona uğramış aksonlar elektrik impulslarını çok yavaş iletmekte ya da hiç iletememektedir. Bu nedenle beynin görme, konuşma, yürüme gibi fonksiyonlar üzerindeki kontrol kabiliyeti bozulur. GAPS Tedavisiyle hastalığın kaynağı olan ince bağırsaklardaki geçirgenlik ve bakteri dengesizliği iyileşeceği için; onarım mekanizmaları harekete geçer. Daha önce hasar görmüş miyelinin onarımıyla impuls aktarımının tekrar sağlıklı gerçekleşmesine ve geçici olarak yitirilen fonksiyonların büyük bir bölümünün tekrar geri alınması sağlanmış olur. 

Haşimato Tiroiditi :

tiroid hücrelerine karşı antikor  gidip yapışarak onları 'aynı bir mikropmuş' gibi tahrip eder. Bunun sonucu olarak iltihabi bir durum (“tiroidit”) ortaya çıkar. Bu iltihap ve harabiyet sonucunda hormon üreten tiroid hücreleri çalışamaz hale gelir, kandaki tiroid hormon (tiroksin) düzeyi düşer, TSH düzeyi artar. Hastada hipotiroidizm (tiroid hormon yetmezliği: örneğin Haşimato hastalığı) veya daha seyrek olarak hipertiroidizm (zehirli guatr: örneğin Basedow Graves hastalığı) oluşabilir. Antikorları çok yüksek olanlarda tiroid kanseri görülme oranı daha yüksektir.

Romatoid Artrit :

Bağışıklık sisteminin eklemlere saldırması; Romatoid Artrit (RA) adı verilen, enflamatuvar bir otoimmün bozukluk olarak tanımlanan hastalığa neden olur. Engelleyici ve ağrılı bir iltihabi durumdur, ağrı ve eklem aşınması sebebiyle önemli oranda hareket kaybına yol açabilir. Eklemlerin iç yüzünü döşeyen dokunun iltihabı ile başlar ve kıkırdak, kemik, tendon ve bağlarda harabiyet yapabilir. GAPS tedavisi; hastalığa kaynaklık eden ve bağışıklık sisteminin aşırı derecede aktive olmasına sebep olan bağırsak flora anormalliğini ve bağırsak duvarı hasarını ortadan kaldıracağı için, onarım mekanizmaları harekete geçerek eklem dokuları iyileşmeye başlayacaktır. 

Kronik Yorgunluk Sendromları, Fibromiyalji , Ülseratif Kolit, Crohn Hastalığı

Bağışıklık sisteminin aşırı aktivasyonu aynı zamanda, vücuttaki deri, damar, kalp, akciğer ve kaslar gibi birçok eklem dışı dokuyu da etkiler. Vücudun kendi dokularına karşı antikor üretmesi ile birlikte bağışıklık sisteminin zayıf düşmesi sonucunda Kronik Yorgunluk Sendromu, bir çeşit iskelet-kas sorunu olan Fibromyalji, saçlı ve tüylü bölgelerin beyazlaş­masına neden olan Vitiligo ve Vaskulit, Ürtiker, Diyabet, Raynaud gibi hastalıklar ortaya çıkmaktadır. Vücut tarafından gereksiz yere üretilen antikorlar bağırsağa karşı harekete geçmeye başlarsa Ülseratif Kolit, Crohn Hastalığı, ortaya çıkar. Antikorlar akciğerleri etkilemeye başlarsa, durum Astımla sonuçlanır. GAPS Tedavisi bu hastalıkların kaynağı olan hasarlı ve geçirgen bağırsakları tedavi ettiği için; adı geçen bütün hastalıklar için önleyici ve tedavi edicidir.

Çölyak Hastalığı

Çölyak da GAPS’la tedavi edilen hastalıklardandır. Günümüzde çölyak hastalığında önerilen diyet, glüten içermeyen yiyeceklere izin veren ‘Glütensiz Diyet’tir. Glütensiz Diyet, çölyak hastalığını tedavi etmez. Çölyak hastalığı tarihte bir zamanlar, ABD’de 1870-1964 yılları arasında yaşamış olan çocuk doktoru Sidney Valentine Haas tarafından tedavi edilmekte idi. Dr. Haas, beslenmenin çölyak hastalığı ve diğer sindirim hastalıkları üzerindeki etkisini yıllarca araştırdı. O ve meslektaşları, sindirim hastalarının diyetteki proteinleri ve yağları oldukça iyi tolare ettiğini gözlemledi. Ama tahıl ve nişastalı sebzelerdeki kompleks karbonhidratlar sorunu daha da kötüleştiriyordu. Şeker, laktoz ve diğer çift şekerlerin de diyetten çıkarılması gerekiyordu. Dr. Haas, 600’ün üzerinde hastayı 'Spesifik Karbonhidrat Diyeti (SKD)' yle tedavi ederek başarılı sonuçlar aldı. Verdiği diyeti en az bir yıl boyunca sürdürenlerde 'nüksetme, ölüm, kriz, solunum problemi ve büyümeyle ilgili bir sorun yaşanmadan tam iyileşme' yaşandı. Bu araştırmanın sonuçları, 1951’de Dr. Sidney V. Haas ve Merrill P. Haas tarafından yazılan kapsamlı bir tıp ders kitabı olan The Management of Celiac Disease (Çölyak Hastalığının Yönetimi)’de yayınlandı. Kitapta anlatılan diyet, dünya çapında tıp toplumu tarafından çölyak hastalığının çaresi olarak kabul gördü ve Dr. Sidney V. Haas’a pediatri alanındaki öncü çalışmaları nedeniyle onur ödülü verildi.

Dr.Sidney Haas, sadece çölyak hastalığını değil; Crohn’s, ülseratif Kolit gibi iltihaplı bağırsak hastalıklarını da SKD ile tedavi ediyordu. Takip eden yıllar içinde korkunç bir şey oldu. Çölyak hastalığı sonuçta bir glüten intoleransı veya glüten enteropatisi olarak tanımlandı. Glütensiz diyetin çölyak hastalığında etkili olduğu yayılınca, SKD eskimiş bilgi olarak görülüp unutuldu. Sadece çölyak hastalığı değil, bağırsakta ortaya çıkan çeşitli iltihaplı durumlarda tedavisiz kaldı.

Eğer bir anne olmasaydı, SKD, çölyak hastalığıyla ilgili tüm o tartışmalardan sonra unutulup gidiyordu! Elaine Gottschall, ciddi bir şekilde ülseratif kolit hastası olan ve nörolojik problemler yaşayan küçük kızına yardım edebilmek için, 1958 yılında Dr. Haas’ı görmeye gitti. Küçük kız, iki yıllık SKD sonrasında hastalık belirtilerinden tamamen kurtulmuş, enerji dolu bir çocuk olarak gelişimine devam ediyordu. SKD’nin kızındaki başarısından sonra Elaine Gottschall; Crohn’s hastalığı, ülseratif kolit, çölyak, divertikül iltihabı ve kronik ishalin çeşitli türlerini yaşayan binlerce kişiye yardım etti. Yıllarını bu diyetin biyokimyasal ve biyolojik temellerini araştırmaya adadı ve Breaking The Vicious Cycle, Intestinal Health Through Diet (Acımasız Döngüyü Kırmak, Diyet Yoluyla Bağırsak Sağlığı) adlı bir kitap yayınladı. Bu kitap dünyanın her yerinden binlerce çocuk ve yetişkin için gerçek bir kurtarıcı oldu ve çok sayıda baskısı yayımlandı.

Çölyak da dahil olmak üzere, GAPS Hastaları için uygun diyet; Spesifik Karbon Hidrat Diyetinin geliştirilmiş hali olan GAPS Diyetidir. Glüteni diyetten çıkarmak, çölyak hastalığını tedavi etmez. Patojenik florayı besleyen tüm tahılları, nişasta içeren bütün sebzeleri ve çift moleküllü bütün şekerleri de diyetten tamamen çıkarmak gerekir. Ayrıca; patojenik florayı kontrol altına alacak olan esas ve faydalı florayı geliştiren, hasarlı ve iltihaplı bağırsak dokusunu tamir eden yiyecekleri de diyete dahil etmek gerekir. GAPS Diyetinin temel mantığı budur.