GAPS Diyeti üç ana bölümden oluşmaktadır:

1.GAPS Giriş Diyeti (6 aşamalıdır, psikolojik ve fizyolojik hastalık semptomları giriş diyetinin ilk aşamalarında ortadan kalkmaya başlar)

2.Tam GAPS Diyeti (Bağırsak florası tamamen dengelenir ve psikolojik, fizyolojik semptomlar tamamen ortadan kalkar)

3.GAPS Diyetinden çıkış (Bağırsak florası, duvarı ve epitel dokusu tamamen iyileşmiştir ve GAPS Protokolü doğrultusunda diyetten çıkılır)