Tedavinin önemli bir parçası da hastanın detoks sisteminden genel toksik yükü olabildiğince kaldırmaktır. Detoksifikasyon ve çevresel toksinlerden uzak durmak GAPS Tedavisinin önemli bir parçası olmak zorunda. Bağırsak florasını normale döndürmek, uygun besleyici bir diyet, temiz su, meyve-sebze suları ve toksinlerden kaçınma işe yarayan ve yan etkisi olmayan doğal önlemlerdir! Sağlıklı bir vücut, içeriden temizdir! İyi temizlenmeler! ​"